Muhammad Halley Yudhistira lulus pada tahun 2007 dari Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Universitas Indonesia (FEB UI) dengan jurusan Ekonomi (Ekonomi Regional dan Urban), dengan predikat cum laude. Setelah itu, Yudhistira melanjutkan studinya di National Graduate Institute for Policy Studies (GRIPS) dan berhasil meraih gelar Master of Arts dalam Ekonomi Publik pada tahun 2011. Pada tahun 2015, Yudhistira berhasil meraih gelar Doctor of Philosophy dalam Ekonomi Publik dari National Graduate Institute for Policy Studies (GRIPS), di Tokyo, Jepang dengan dana beasiswa Mitsubishi untuk gelar Doctor of Philosophy. Yudhistira mulai bekerja sebagai dosen asisten di Departemen Ekonomi, Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Universitas Indonesia pada tahun 2007. Kemudian ia menjadi dosen di Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Universitas Indonesia serta seorang Research Fellow di LPEM FEBUI sejak tahun 2015. Yudhistira juga bekerja sebagai Managing Editor Jurnal Ekonomi Pembangunan Indonesia sejak tahun 2014. Minat penelitiannya meliputi ekonometrika terapan, ekonomi regional dan urban, teori dan empirika dalam ekonomi transportasi.
Yudhistira juga menerima sejumlah hibah penelitian termasuk hibah penelitian individu dari Yayasan Sumitomo, Jaringan Pembangunan Asia Timur, serta dari Australian National University. Selain itu, Yudhistira juga menjadi Visiting Fellow untuk Proyek Indonesia yang diselenggarakan oleh Australian National University. Selain penelitian dan pengajaran, Yudhistira telah menyajikan temuannya dalam beberapa acara internasional dan nasional, termasuk Forum Tahunan EADN, Kelompok Studi Indonesia (ANU), Asosiasi Ilmu Regional Indonesia (IRSA), Konferensi Ekonomi dan Keuangan Indonesia (CEFI), Seminar Nasional dan Workshop Kedua tentang Frontier in Economics and Teaching Method yang diselenggarakan oleh Departemen Ekonomi Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Universitas Indonesia serta Konferensi Regional Science Association International ke-3 di Bandung. Yudhistira juga merupakan kepala dari sedekahair.org, sebuah perusahaan sosial yang fokus pada penyediaan air.